环球考察中的贝格尔号

菲茨罗伊只比达尔文大四岁，年轻而英俊，最让的自豪的是他的罗马式的大鼻子。当时，颅相学在欧洲颇有市场，这门所谓的学问有些类似于中国的相面，据说可以根据一个人的面向推知他的未来。菲茨罗伊自信地认为，他的大鼻子显示了他高贵的血统和出众的智慧，实际上，他具有皇族血脉，是英王查尔斯二世的重孙，但他并不完全是因为裙带关系才当上舰长的。英国皇室后裔都有参加海军的传统，因此，菲茨罗伊12岁便进入了普茨茅斯的皇家海军学院学习，经过六年的学习和见习，他以空前的满分成绩从这家海军学院毕业，正式成为一名海军下级军官。之后，菲茨罗伊的履历上便是一片辉煌，1826年，贝格尔号启航进行她的第一次海洋勘测任务，那一年23岁的菲茨罗伊是海军上尉。两年后，当贝格尔号航行至南美南端的火地岛时，舰长斯多克斯因承受不了长年远航的身心压力，拨枪自尽，菲茨罗伊临危继任贝格尔号舰长，他出色完成了原定的各项勘测任务，1830年10月，远航四年的贝格尔号回到英国。

1831年7月，贝格尔号第二次远航在即，深知长年海上航行艰苦与寂寞的菲茨罗伊深恐自己会步前任舰长的后尘――因精神抑郁而自杀，他想到了一个好办法，邀请一位年轻的绅士参加远航，这样，他可以与菲茨罗伊共尽一日三餐，谈天说地，当然，他本人可以是科学家，在水兵们进行勘测时，他也能进行考察。打定主意后，菲茨罗伊请剑桥的一位朋友寻找并推荐一位年轻绅士上舰，他强调，这个年轻人必须是个绅士，受过良好教育，这样彼此才会有共同的品味。

当年夏天，达尔文在威尔士远足，收集标本；8月底，达尔文回到什鲁斯伯里的家中，看到了恩师亨斯洛教授邀请他登上贝格尔舰的信函，当时，这封信上说这次航程将历时两年，两年，对于一个刚刚走上社会的年轻人来说，已经意味着很长久了。启航日期将是9月25日。达尔文为这个机会欣喜若狂，可他的兄弟姐妹们却不以为然，她们觉得，这是达尔文又犯了不切实际的老毛病，还是回乡来当个牧师是正经。达尔文父亲的态度则更加坚决：他列出了反对出海的八条理由，诸如：这个主意实在是冒险而荒诞；为什么临行前一个月才找到你，可见之前找的候选人都不愿去；出海两年恐怕你再也不可能安下心来做牧师了；两年的航行完全是浪费生命！总之，除非儿子能找到一个神志清醒的人支持他，否则出海想都别想。

达尔文心灰意冷，但在绝望之前他还抱有一丝期盼，也许舅舅会支持他远航，而且，舅舅的话父亲总是听的。同达尔文父亲的家族一样，达尔文母亲所在的韦奇伍德家族也非常富有。韦奇伍德家族拥有一个瓷器厂，连英国王室都用过他们生产的瓷器。达尔文的外公和祖父是终生好友，他们两人都曾是“月光协会”的主要会员，月光协会是英国伯明翰及周边的开明士绅组成的沙龙，在1800年前后的那些年，他们常常选择满月的夜晚聚餐，皎洁的月光对他们来说实际的意义更大于浪漫，因为在那没有路灯的年代，他们需要在聚会后乘着各自的马车回家。在月光协会中，有蒸汽机的发明者瓦特，还有世界上第一位分离出氧气的科学家普里斯特利。达尔文的祖父和外祖父当时虽然不像他们那样大名鼎鼎，但他们共同为后世奉献了一位孙辈达尔文。

达尔文的祖父和外祖父在达尔文出生前便均已辞世，此时，达尔文的舅舅执掌着韦奇伍德瓷器公司，他与妻子和八个孩子住在距什鲁斯伯里十公里的美尔宅。达尔文姐弟一直是美尔宅的常客，对达尔文来说，舅舅慷慨好客，表哥表姐们也都是要好的玩伴，而且，这里没有父亲威压式的管束，因此，美尔宅一直是他的快乐城堡。

为舅舅的支持，达尔文带着猎枪骑马奔向美尔宅，此时，狩猎季节又开始了，山林已被秋色染红，不去航海也罢，达尔文想，将来就当个牧师吧，有时间还可以打打猎，平安优越的生活自然也很不错。见到舅舅后，达尔文告知了事情的原委，出乎意料，舅舅对这次机会似乎比达尔文本人还激动，他大叫道：“这样的好机会怎么能放弃，一定要去！”在坐下来和达尔文讨论了航行的细节后，舅舅开始给姐夫写信，逐条驳斥了他反对达尔文出海的理由，最后舅舅写道：“能够得到这样机会的人少而又少，它让人真正认识这个世界，更何况，查尔斯航行归来后是否作牧师还不一定呢。”

詹姆斯•默尔（达尔文传记作家）“父亲和舅舅对达尔文出海不同态度的缘由。”
第二天已经是9月1日，舅舅一大早便让仆人骑马将回信送给达尔文的父亲，接下来，甥舅俩跃马林间，达尔文打下了第一个猎物，一只鹧鸪。然而甥舅两人一直心神不定，上午十点钟，舅舅一挥马鞭说：“走，不打猎了，我们一起回去见你父亲，我当面劝说他。”
甥舅二人策马回到蒙特宅，达尔文的父亲正捧着妻舅的信思索着，看着站在面前的儿子和妻舅，这位医生笑了，他表示自己想通了，愿全力支持儿子出海。

兴奋的达尔文马不停蹄赶到剑桥，告诉亨斯洛教授自己可以上舰出海，但教授告诉他，菲茨罗伊舰长似乎已经有了别的人选。满头大汗的达尔文感觉一盆冷水突然从头顶浇了下来，他在剑桥徘徊了一个周末，郁闷至极。当又一个星期来临时，他决定去伦敦面见菲茨罗伊，即便只有万一的可能也要尽万分努力一试。
在海军部的办公室，菲茨罗伊叼了烟斗观察了这个年轻人很久，然后说：“那个合适的人选一个小时前刚刚决定放弃这次旅程，所以你来得正是时候，如果不介意，你可以随我出海。”那一刻，达尔文在心底里感谢上帝，他一遍遍在告诉自己，这是真的，自己终于可以去做环球旅行了！后来，他才被菲茨罗伊告知，他那寻常的鼻子几乎毁掉了这次机会，因为当时菲茨罗伊推测，从达尔文的鼻子来看，他经受不了长时间航海的艰苦。

达尔文为上船提出了自己的条件，第一，他本人有权在认为合适的情况下离船中断考察；第二，他坚持支付一定的伙食费，而原本菲茨罗伊是想由他来掏达尔文在船上的饭钱。达尔文和菲茨罗伊商定，在贝格尔号上，达尔文将享用舰长的伙食标准，与菲茨罗伊在一个餐桌上吃饭，达尔文为此一次性支付500英磅，这在当时几乎是个天文数字，相当于今天的4万英磅，好在达尔文的父亲有言在先，尽一切可能支持达尔文的远航。除此之外，达尔文还在之后几天中跑遍了伦敦购买最好的科学仪器，准备带上旅程。这期间，达尔文在海军部和科学界的剑桥大学校友无私地帮助了这位年轻人，他们有的告诫了他许多航海的注意事项，有的把一些备用的仪器送给达尔文。
这时，达尔文收到了他的女朋友的告别信，正如所有第一次陷入热恋的年轻人一样，达尔文最割舍不下的就是这个名收芳妮•欧文的漂亮女孩了。在写给达尔文的告别信中，芳妮似乎也流露出了同样难以割舍的情感：“亲爱的查尔斯，就让幸福与欢乐伴你远航，愿你早日回到我们身边。”在之后的几个月里，没有人知道达尔文对这封信究竟看过多少遍。
同达尔文一样，菲茨罗伊也是带着爱的牵挂启航的，但与达尔文不同的是，菲茨罗伊向心上人求婚，并在启航前得到了这位姑娘的允诺。

竣工于1820年的贝格尔号是六艘柴罗基级轻型战舰中的一艘，她舰长28米，排水量240吨，有侧舷炮十门，贝格尔的英文愿意是小猎犬，她和她的五艘姊妹舰全部被用作勘测船。尽管船身较小，贝格尔号却拥有三根桅杆，这使它操控灵活而动力充足，即能够在驰骋在无边的大洋上，又能够在浅水区完成海岸线的测绘工作。贝格尔号还装备了许多新型的安全设备，比如避雷针，这使她得以穿越无数次雷雨，最终平安回家。

贝格尔号的中心任务是，勘测并绘制南美大陆及附近岛屿的海岸线。这意味着，英国在失去美国这样原本一大片殖民地之后，已经致力于更高效地开发南美，从而用南美的贵重金属和包括棉花和蔗糖在内的各种资源，维持英国刚刚兴起的大机器生产以及维持英国人日益富裕的生活标准。

1831年12月27日清晨，无数次推迟了启航日期后，在微风和细雨中，载有73名船员的贝格尔号终于离开了普利茅斯港，驶向大西洋，从地中海吹来的风带给大家无尽的凉意。船上所有的海军官兵此时都无法想象，贝格尔号将因达尔文而名垂青史，那一刻，连达尔文本人都无暇憧憬自己的远大前程，英格兰的地平线尚未在视野中消失，达尔文便晕船了。

达尔文的晕船症状来得如此猛烈而持久，这是舰长菲茨罗伊和达尔文本人都始料未及的，在以后的一个星期中，达尔文很少下床，尽管他在不断强迫自己吃饭，但吃下去的东西很快就吐了出来，这段日子里，菲茨罗伊就像长兄一般，体现出柔情的一面，每当空闲时刻，菲茨罗伊便走进达尔文的舱室，和他谈莎士比亚和简•奥斯汀，而舱外则不断传来水手们在皮鞭下的惨叫，原来，刚过圣诞节贝格尔号便启航了，有的水手把烈酒带上船偷着喝，菲茨罗伊发现后无一例外对他们实行了鞭刑，面对达尔文的疑问，菲茨罗伊轻松地说：“没办法，这是例行公事，秩序必须从我们启航那一刻确立起来。”这让达尔文想起了舅舅的告诫：远洋船的船长对待水手就像奴隶主对待奴隶一样。于是，在昏暗的船舱中，菲茨罗伊朗诵莎士比亚诗句的宽厚的男声、舱外清脆的皮鞭声、水手尖厉的惨号声、海面上凄凉的风声汇成了一首独特的交响曲，很难想象这样一首交响曲会有助于达尔文从晕船中恢复过来，但它却浑身乏力的达尔文深深地意识到，自己那充满阳光的青春岁月已经远去了，正如自己的故乡正渐行渐远。

达尔文曾一度有望回到他怀念的故乡。离开英国一周后，贝格尔号驶达非洲以西的马德拉群岛，菲茨罗伊决定将达尔文送到岛上，然后会有路过的船只将他送回英国，因为从当时的情形看，达尔文因晕船而极其虚弱，似乎根本不可能完成贝格尔舰的全部航程。不料此时西风强劲，军舰无法靠岸，送达尔文下船的决定只得暂缓执行；两天后，贝格尔号到达加那利群岛，贝格尔号被群岛上的执政官告知，英国的几个城市刚刚爆发了霍乱，贝格尔号的官兵谢绝上岛，于是，贝格尔号继续南行；又是两周过去了，1832年1月16日，贝格尔号到达佛德角群岛，这时，达尔文终于有了恢复的迹象，菲茨罗伊遂决定先不急将这位小老弟送走，观察一段再说。

达尔文与另两位军官在圣迭亚哥岛上岸，他们看到了两百多年前西班牙殖民者留在这里的片片废墟，不禁感慨那个曾经的海洋霸主的黯然没落。在这个小岛上，达尔文很快有两个重大发现，第一，他发现生活在小岛附近的乌贼竟然会改变颜色，他写信将这个发现告诉了导师亨斯洛，哪知亨斯洛后来回信说，这个现象之前已经有人记录了；第二个发现让达尔文产生了更深的思索，在小岛距海平面十多米高的岩石上，达尔文竟看到了镶嵌在岩壁上的点点贝壳，众所周知，贝类都是生活在水里的，却怎么会出现空中？达尔文大胆猜测：也许是由于海岛在地壳长期的运动中逐渐上升，从而将附着的贝壳带到了十多米高岩壁上；然而这个设想与基督教教义大相径庭，基督教认为：上帝创造的世界是完美的，无需改变，也不会改变。达尔文将疑惑埋在了心底，继续随贝格尔号南行。

当贝格尔号在大西洋中继续前行时，已经没有人注意达尔文的晕船症状了，然而不幸的是，各种资料表明，他仍在晕船。有统计表明，除职业水手之外，百分之九十五的人会在晕船两三天后完全恢复过来，继而适应海上的生活；百分之二三的人根本不晕船，还有百分之二三的人却永远无法适应，只要在海上颠簸一刻，晕船就会伴随他们一刻；不幸的是，我们的主人公达尔文属于最后一类，就在环球航行结束前的几个月，达尔文仍然被晕船所折磨着，他在给朋友的信中写道：“我遭受到晕船的痛苦似乎比三前年更有甚之。我痛恨大洋中的每一道波涛，我的痛苦是没有出过海的人无法想象的。”有一次他甚至写道：“今后如果有谁再劝我出海旅行的话，我立刻和他翻脸。”然而，达尔文清楚地知道，他身边的这群水手们早已适应了阴晴不定的海洋，如果这时他再抱怨或诉苦的话，换来的只能是奚落和嘲笑，于是，达尔文无时无刻不努力保持一个英国绅士的自尊，尽量不暴露出晕船的症状，只是实在无法忍受时才歇息片刻。与达尔文同居一个舱室的测绘官斯多克斯曾回忆说：“平日在船上，达尔文总是和我共用一张桌子，他用显微镜观察标本，我在绘图，每工作一个小时左右，达尔文便会说：‘伙计，我得放平一会儿。’于是，我们将桌上的仪器和图纸暂且搬开，达尔文躺在桌上闲眼休息片刻。”

每个夜晚，达尔文要在绘图间挂起他的吊床，因为自己身高超过一米八，达尔文必须先拿掉墙边文件柜里的两个抽屉才能把脚伸开，躺在吊床上，他的身体距天花板只有半米远。幸运的是，作为一个新海员，达尔文得到了身边的伙伴特别是舰长菲茨罗伊的关怀，许多年后，达尔文在写给菲茨罗伊的一封信中说：“我经常想到您给过我的许多热心的帮助，我们启航后不久，您还曾亲自为我挂过吊床，这些事情您本人大概都忘记了吧，但当年我把这些情景写信告诉家人时，我的父亲为此流下了眼泪。”

2月28日，穿越了大西洋的贝格尔号抵达巴西，这也是达尔文到达的欧洲之外的第二个大洲。就在这个月，达尔文年满23岁，当他踏上巴西港口巴伊亚时，不禁为眼前的景象所震撼，因为此时，巴西完全是一个奴隶制的王国。据后来的不完全统计，1830年被贩运到巴西的黑人在八万人左右，他们被押送到各个种植园充当奴隶，如果大规模的黑人的流入并不意味着种植园的扩大，而是折射出黑人在巴西超高的死亡率，由于气候酷热、劳动繁重以及缺乏免疫手段，每个黑人到达巴西后平均只能再活三年，而一代代白人殖民者已经在南美大陆坐享其成两个多世纪。每当正午来临，白人全都会躲在家中乘凉，初来这块大陆的人们会恍然以为自己走进了非洲。

当达尔文走过酷热的街道时，皮鞭的脆响和奴隶的惨叫不断冲击着他的耳膜和心灵。他写道，有一个白人老太太，她对这群远方来的英国水兵是如此的和蔼，而为了驾驭她的奴隶，她有一招杀手锏――用钢钳夹碎他们的手指。还有一次，一个六七岁的小奴隶只是因为在给达尔文倒咖啡时泼出了一点，马上就被他的主人挥起马鞭打在头上，直到达尔文上前拦阻。这一幕幕人间惨剧，对于善良的达尔文来说已经超出了承受的极限。

奴隶制是达尔文终其一生最为痛恨的制度，每当看到压榨黑人的奴隶主、贩运黑人的船长或是维护奴隶制的政客，达尔文马上会从一个温文尔雅的绅士变为一个一往无前的剑客，必欲将这种丑恶的制度置于死地而后快。实际上，对奴隶制的仇恨早已溶入了达尔文的血脉。早在十八世纪末，达尔文的祖父和外公便是英国废奴运动中的两位急先锋，当时英国最著名的废奴口号“难道我不是你的人类兄弟吗？”便是达尔文的外公写下的，而达尔文的祖父作为那个年代著名的诗人，更是写下了许多诗篇揭露和鞭挞奴隶制的丑恶。在几代人的艰苦努力下，英国终于在十九世纪初立法确认：在英国及其殖民地畜奴和贩奴均属非法。

然而此时，在刚刚独立不到十年的巴西，畜奴仍是合法的。当达尔文回到贝格尔号，将自己的所见所闻及内心的愤怒诉说给菲茨罗伊时，却得到了出乎意料的回答――菲茨罗伊认为：奴隶制不失为一个很好的制度，而且这里的奴隶们日子过得很快乐。他告诉达尔文说，他刚刚拜访了一位大奴隶主，为了讨好这位英国舰长，奴隶主将自己庄园上的奴隶全部集中起来大声问道：“你们快乐吗？你们想要自由吗？”奴隶们齐声回答：“我们很快乐，我们不想要自由！”这样的回答让菲茨罗伊非常高兴，他甚至希望将奴隶们的快乐带回来感染年轻的达尔文，不料达尔文以嘲笑的口吻对他说：“你以为奴隶主在场的时候，奴隶们的回答可信吗？”菲茨罗伊觉得自己的智商受到了质疑，他突然间暴跳如雷，并告诉达尔文今后不希望再和他共用一张桌子吃饭。

达尔文在晚年撰写的自传中不止一次申明，从许多方面来讲，菲茨罗伊都是一个具有高贵秉性的正直的人，但他在性格和认识方面的一些严重的缺憾损害了他人格的健全。作为皇室后代，菲茨罗伊的父辈和祖辈都是英国著名的贵族，他本人从小便生活在奴婢成群的环境中，举手投足都有人照料，因此，在他的心中，充斥着奴隶的社会便是繁荣的社会。菲茨罗伊的思维方式折射了当时英国及欧美上流社会许多人的思想，当时，为了维护美洲大陆上残存的奴隶制，有人甚至辩护说：上帝创造了不同肤色的人种，就是要让有色人种做白人的奴隶。达尔文对这种拿上帝做辩护工具的论调非常反感，因此，每当有人为奴隶制唱赞歌，年轻的达尔文总是给予坚决的驳斥，哪怕对方是长辈或者上司。这一回，他直接得罪了舰长。在西方的大航海时代，冒犯船长的下场往往会是被丢弃在一个荒岛上，或是直接抛入大海。但达尔文经历的这个小插曲却有着喜剧性的落幕，第二天早上，菲茨罗伊主动向达尔文道歉，并请他继续共尽三餐。

4月初，贝格尔号到达巴西的著名港口城市里约热内卢，此时，水手们的勘测工作已经全面展开了。一艘刚刚从英国开来的军舰为官兵们带来了邮件，达尔文从姐姐的信中得知，他的女朋友芳妮•欧文嫁给了一个富有的贵族，出嫁的日期实际上就在贝格尔号刚刚从英国启航几天后。或许，这就是远航的代价吧，达尔文从心底这样对自己说道，然而，初恋的失败却不是轻轻挥一挥手就任其随海风远去的，尽管达尔文的姐妹在信中百般安慰，达尔文仍忍不住在回信中写道：“如果不是得知这个消息，今晚我一定还会像往常那样，心中默念着芳妮的名字进入梦乡。”
也正是在贝格尔号逗留里约热内卢期间，两位水手感染了疟疾，不久后便客死南美了。
1832年7月5日，贝格尔号离开里约热内卢继续沿巴西海岸向南航行，数百条海豚伴着贝格尔号欢快地离去。这难得的美景使达尔文抑郁的情绪得以烟消云散。

1833年2月，在火地岛进行勘测的贝格尔号突然接到命令：立即前往福克兰群岛执行警戒任务。福克兰群岛在西班牙语中被称作马尔维那斯群岛,自17世纪末被发现后，英国和阿根廷之间一直存在主权争议。1833年初，英国占领了这片群岛，并急调南大西洋的英国军舰前去守卫。
1833年3月初，贝格尔号抵达马尔维那斯群岛驻防，直至一个多月后其他的英国军舰赶来换防，其间并没有海战发生。然而，马尔维那斯群岛却成为了达尔文环球考察中的一个里程碑，因为，他除了找到了许多化石，还发现了一种群岛特有的狐狸。

这种狐狸比亚欧大陆上常见的狐狸要大一些，却异常温顺，达尔文写道，当地人一手拿着肉块把一只狐狸引来，然后另一只手操刀就可以把它捅死。在常人眼中，狐狸似乎是狡猾与机警的象征，为什么这里的狐狸却如此迟钝？而且，达尔文写道，南美大陆根本没有狐狸，那么，它们是不是许多年前欧洲人带到岛上的呢？可为什么它们与欧洲的狐狸在形体和习性上大不相同，难道上帝特意为这片群岛创造了这样一种狐狸吗，那么上帝的目的何在呢？另外，在马尔维那斯群岛的两个主岛――东、西福克兰岛上，西岛上的狐狸比东岛上的稍小，而且毛色偏红，那么，上帝竟然还不厌其烦地为这样两个相邻的小岛创造出了两种狐狸？
由于当地人的大量宰杀，马尔维那斯群岛的狐狸在达尔文到来近半个世纪后灭绝。但这种曾经的物种却在达尔文脑海中闪现了一道抹不去了灵光。
随贝格尔舰回到南美大陆，达尔文开始了他系统的科学考察，往往是贝格尔号到达一个港口便把他放下，他在当地雇上向导和马匹，当贝格尔号在附近沿海岸线进行测绘时，达尔文便在南美的山川之间搜寻动植物化石，记录沿途的地质特点。
毫无保护的考察活动在当时意味着无所不在的危险，当达尔文深入阿根廷腹地时，一位殖民军阀正在追剿占领地的印地安人，达尔文用大屠杀来形容当时的惨状。在这种情形下，印地安人与白人殖民者成了不共戴天的敌人。一次，达尔文在山间与一群印地安人擦肩而过，事后向导说：“好险哪！刚才我听到印地安战士说要干掉我们，多亏他们的头领没有理会。”
还有一次，当达尔文带着向导和驮满化石的几匹骡马按约定赶到布宜诺斯艾利斯港时，竟发现港口正被一支军队围攻，他们根本无法到达码头。如果不能按约定的时刻赶到，贝格尔号很可能就会开走。心急如焚的达尔文设法贿赂了一个军官，然后他让向导和骡马在原地等候，一个人穿过枪林弹雨冲向码头，他心里想着，见到菲茨罗伊，可以约定好在下一个会合港口，然后他再回去将骡马和化石带过去。然而，让他大吃一惊的是，贝格尔号根本没在码头上。好在菲茨罗伊留下了一个水兵，告诉了达尔文下一次会合的时间和地点。疲惫的达尔文再次冒着炮火冲出城外，原本等候在那里的向导和骡马却又不见了。当达尔文终于找到了躲在几公里外的向导以及完好无损的化石和标本时，他感觉浑身上下已经没有一丝一毫的气力了。
在环球考察的五年间，死神无数次来到达尔文的身边。每当菲茨罗伊看到鼻青脸肿的达尔文背着标本和矿石一瘸一拐地回到贝格尔号，他总是苦笑着拍拍达尔文的肩头。1833年10月，达尔文再次深入南美内陆考察，菲茨罗伊让水手给他带去了一封信，信中写道：“很久不见，不知你又有多少次逃脱了印地安人的追杀？多少次跌下山涧？多少次陷进沼泽？多少次被急流冲走？”
探索自然的强烈兴趣和责任感使达尔文在如此艰险的条件下坚持完成了贝格尔号五年的环球航程，他曾在航行日记中写道：“对我来说，责任感总是与兴趣并存的，我不能忘记责任，正如我无法忘记多年来探索自然带给我的巨大快乐。”
有人计算过，除了贝格尔号启航前达尔文预支的餐费和购买仪器的600英磅之外，在环球航行的五年间，他还在雇用助手、寻找向导、雇用骡马及陆上食宿等项上共花费1200英磅，因此，达尔文的环球旅行共花费了他父亲1800英磅，约合现在的15万英磅左右。每当贝格尔号到达一个港口，达尔文要做的第一件事便是向金融代理人拆借当地货币，然后达尔文的父亲将依次通过英国的银行支付这些欠款，在五年中，达尔文的父亲对此并无怨言。由于达尔文在世界各地考察的费用并不出自皇家海军或是英国政府，他采集的标本和化石也不属于国家财产。在菲茨罗伊的帮助下，这些标本和化石由贝格尔号遇到的回英国的军舰带回英格兰，并转送剑桥大学的亨斯洛教授进行初步的归类和分析。

　　1833年初，达尔文收到了亨斯洛教授的信，对达尔文寄回的第一批标本进行了评价，总的来说，亨斯洛对达尔文的成绩颇感满意，但他也直言不讳地指出，有些样品他想破大天也没能搞清楚是什么东西，他提醒达尔文今后在包装标本时要格外小心，防止路途中的颠簸对这些难得的样品造成不必要的损坏。
除在地质学和生物学方面的采集之外，达尔文还对他沿途所见所闻做了大量的笔记，这些笔记还涉及所到国家和地区的风土人情、经济和社会发展以及政治体制。
当达尔文的考察了进入第三个年头，他在地质学上的创新性思考已经日臻成熟。
在南美，达尔文发现了收集了许多大型食草动物的化石，这些动物应当大象和美洲驼的近亲，但已经灭绝于很久以前。达尔文想到，在这些大型食草动物曾经生存的地方应当有茂密的植被，否则它们不可能生息繁衍，但现在这里竟是荒漠，这说明，从长远来看，地质结构是在不断变化的。
南美南端最高的山峰名叫达尔文峰，高2150米，当它获得这样一个命名时，达尔文还不满24岁。那是1833年1月，达尔文和几位贝格尔号的同事划着一条小船在附近考察，他们刚刚登岸，一个巨浪打来，将原本泊在浅滩上的小船带向海湾，如果小船漂走，水手们将被困在海滩上，危急时刻，在达尔文的带领下，大家冲进冰冷的海水中，将小船拽了回来。菲茨罗伊得知此事后，将这个地区最高的山峰命名为达尔文峰。

随贝格尔号进行环球旅行的达尔文

1934年6月，贝格尔号在完成了南美东海岸和海地岛的艰辛复杂的测绘工作后，终于驶入太平洋，并继而沿南美西海岸北上。
7月下旬，贝格尔号行至智利港口瓦尔帕莱索，不久后，一艘军舰带来了家乡的邮件，其中有亨斯洛教授先后写给达尔文的两封信，信上对达尔文发回的标本大加赞赏，但仍不失遗憾地告诉达尔文，有些标本还是在旅途中破碎了。
在这片海岸附近，达尔文看到了资源的迅速开发而带来的畸形繁荣，一方面，城市正在膨胀，一方面，城市的郊区及乡村到处是原始积累下的工厂和农场。达尔文看到了一个由美国人承揽的金矿，矿面距离地面100米深，在那里，每个工人都要一次次都将100公斤的矿石背到地面，他们看上去孱弱多病、摇摇欲坠，而他们挣到的钱仅足以裹腹。达尔文感慨地写道：“劳动阶层在南美同时也是赤贫阶层。”

这一年九月底，达尔文在完成一次为期一个半月的深入内陆的科学考察之后便病倒了，这也是他在五年环球旅行中病得最重的一次，大约一年前，他曾在阿根廷发过一次高烧，而这一次，高烧和虚脱几乎使他死在回程的路上。得知达尔文病得很厉害，菲茨罗伊派舰上的军医到瓦尔帕莱索港为他诊治，并且专为等候他的康复而推迟了贝格尔号的行程。不久前，贝格尔号的军需官刚刚在船上因病重而去世，菲茨罗伊主持了对他的海葬。显然，这位舰长不希望为他的朋友达尔文再次举行一次伤感的葬礼。
这次生病达尔文卧床六个星期，发高烧之后是长时间的厌食与乏力，旅程中一直坚持的记的日记也不得不中断了。好在瓦尔帕莱索港有一位达尔文的寄宿学校同学，达尔文得以在这位同学豪华而舒适的家中养病。这期间，达尔文无比想念他在万里之外的温暖的家，想念他的父亲和姐姐妹妹。此时，他已经出行三年了，思乡之情无疑比病痛更加撕心裂肺，他在给姐姐的一封信中不禁写道：“我真想走到码头，登上无论哪一艘回英国的船，一刻不停地踏上回乡的路。”
至于这次生病的原因，达尔文本人最初归结于他在考察的路上喝了几杯变质的葡萄酒，他根本没有想到，同样的症状之后将时隐时现，让他终生饱受折磨。后世的科学家在研究了他一生的症状后认为，达尔文是在南美大平原上一种黑色的致病臭虫叮咬过，由此感染了南美锥虫病。因为当时这种疾病无法诊治，所以达尔文在之后的四五十年生命历程中经常出现眩晕、抽搐、呕吐、头痛、腹部绞痛、浑身肿胀等等症状，有时他的研究工作也不得不停下来。

达尔文并没有离开贝格尔号，1835年7月，也就是他生病九个月后，贝格尔号到达秘鲁港口卡亚俄，在这里他收到了三封家信，两封分别来自两个姐姐，一封来自妹妹，她们得知达尔文生病，都在急切地肯请他尽快回家，否则，家人们担心他今后的日子都将生活在病痛中。达尔文迅速给姐妹们写了回信，他说，病已经好了，同时，他已经下定决心，随贝格尔号完成这次环球考察。他同时还写道：“我们的一下站是太平洋上的加拉帕戈斯群岛，我对此已是迫不及待，因为我相信不论是从地质学和动物学的角度来，加拉帕戈斯群岛都不会让我失望的。”
1835年9月7日，贝格尔号离开秘鲁，扬帆驶向西北方的加拉帕戈斯群岛。
加拉帕戈斯群岛纵跨赤道，由100多个大大小小的火山岛组成，距南美西海岸约970公里。由于受到秘鲁寒流的影响，群岛气候凉爽，温带与寒带的生物能够和谐共存，除陆生的鸟类和爬行动物外，这里还有海狮、海豹甚至企鹅。
欧洲人与16世纪开始涉足加拉帕戈斯群岛，在之后的两百多年中，许多海盗将加拉帕戈斯群岛作为根据地，他们常常从这里出发，偷袭从秘鲁驶往巴拿马地狭的西班牙运金船。进入19世纪后，这里的海盗已基本绝迹。就在贝格尔号到达这里的三年前，刚刚建国的厄瓜多尔正式占领了这片群岛，之后又将它确立为一个行省。

1835年9月15日，在贝格尔号桅杆上瞭望的水兵看到前方海平线上出现一个小点，后来证实，这是群岛中查塔姆岛上的皮特峰；第二天，贝格尔号到达群岛南部的小岛胡德岛，并放下小艇，开始测量；9月17日，达尔文和几位水手登上查塔姆岛。
今天，整个加拉帕戈斯群岛都是东太平洋的旅游胜地，许多游客从世界各地前来，他们不仅是被群岛多姿多彩的动植物所吸引，也是来缅怀达尔文这位科学巨匠。有人形容说，达尔文的故乡是英国，而进化论的故乡是加拉帕戈斯群岛，因为正是这片群岛使达尔文产生了进化论的第一线灵感。两百年前，群岛只有几百个居民，他们靠捕猎鸟类和巨龟为生；之后，旅游业使群岛的常驻人口上升到今天的四万之多，整个群岛作为厄瓜多尔的一个国家公园，已经制定了严格的动植物保护法令，这些居民也是群岛的守望者。

达尔文当年上岛后不久，便看到两只巨龟，他写道：“一只大龟正在啃一块仙人掌，当我走近它时，它向我凝视了一会儿，便慢慢地走开了；另外一只大龟发出一声低沉的吼叫，就把头缩进壳里去了。”这种大龟学名象龟，是加拉帕戈斯群岛上的原产动物，它们头大颈长，成年龟的背甲可以达到1.5米长。达尔文即刻对象龟进行了认真的观察，他发现，这些象龟并非人们想像的那样行动缓慢，如果持续行进的话，他们每小时可以走大约330米。
当天，缺少肉食的水手们将18只象龟搬上贝格尔号改善生活。晚餐是快乐的，无论是烤龟肉还是熬制的龟汤都鲜美无比。在水手们的欢笑声中，起身来到海滩散步，岛上的老人告诉他，早年间，这里的大龟还要多得多，可就在贝格尔号到来前后，每年都会有六七十艘帆船上岛来捕捉大龟，带回南美去出售，这样一来，群岛上的象龟已经与日俱减。

几天后，达尔文遇到了群岛的副总督劳森先生，劳森告诉达尔文，这里每个岛上生活的象龟各有不同，他通过辨别龟甲形状上的微小差异，就可以确定每一只象龟是在哪里出产的；随后，达尔文得知，群岛上的居民都具有这种辨别能力，而且他们知道，不同岛屿上出产的象龟不仅龟甲形状不同，龟肉的味道也不大一样。这个现象引发了达尔文无尽的思考，人们都说，万物均由上帝所造，难道上帝竟然还为这些近在咫尺的岛屿创造了不同的象龟吗？这意味着上帝的全能还是别有奥秘呢？

达尔文在环球考察途经加拉帕哥斯群岛时发现的雀科鸣禽，对他的生物进化思想产生了重要影响

加拉帕戈斯群岛比比皆是火山熔岩构成的黑色巨石，达尔文在他的考察笔记中写道，与这些黑色熔岩相匹配的是黑色的鬣蜥，它们面貌可怕、颜色乌黑、动作蠢笨。与大多数水手一样，达尔文很不喜欢这种丑陋的动物，但他仍认真地观察了这种鬣蜥的生活习性。在群岛上还生活这种黑色鬣蜥的近亲，这种蜥蜴有着漂亮的橙黄色，脊背上如同长着一排枪头。相对而言，黑色的鬣蜥常常下海捕食海藻，而这种黄色的蜥蜴完全是旱鸭子。这些蜥蜴都有温顺的好脾气，不会进攻人类。有一次，达尔文看到一只蜥蜴在挖洞，于是走过去抓住它的尾巴向外拉，达尔文写道：“它似乎受了惊吓，立刻爬出来看个究竟，然后它凝神着我的脸，好像在问：‘你为什么要拽我的尾巴呢？’”
加拉帕戈斯群岛是鸟类的天堂，但它们大都是灰色的，貌不惊人。和这里的象龟和蜥蜴一样，它们根本不怕人，有一回，一只小鸟竟然落在达尔文手里拿着的水罐边沿上，低下头去喝水罐里的水，并且听凭他将水罐举起又放下。还有一次，达尔文看到岛上的一个男孩在水溏边用木棍打鸟，每当有小鸟飞来喝水时，男孩便用棍子将鸟抽死，没多久，男孩就打死了一堆小鸟，这将是男孩一家人的晚餐。达尔文不禁联想起自己到过的其他海岛，比如大西洋中的马尔维那斯群岛和火地岛，由于有狐狸和猎人这样的天敌，那里的鸟类机警异常；然而，迟钝与机警并非一成不变，达尔文在随船携带的图书中看到，有人在七十年前到过马尔维那斯群岛，当时那里的鸟类也是非常迟钝，只是随着上岛的人越来越多，鸟类才变得机警了。达尔文猜测，再过若干年后，加拉帕戈斯群岛上的鸟类也会机警起来吧。

发生变化的不仅仅是鸟类的习性，更引发达尔文惊讶与深思的是，在相邻小岛上看似相同的一种鸟，在形态上却有着明显的差异。
考虑到不同海岛上的象龟在形态上也有差异，达尔文写信给亨斯洛教授说，为什么相邻海岛上的物种竟有这样或那样的差异，是上帝不厌其烦地为不同的地域创造了千差万别的生物，还是原本同一种类的生物为适应不同的生存环境而自身发生了变化呢。达尔文没有想到的是，这个问题以及由此引发的种种思考让他咀嚼了二十年，直到一个惊人的学说渐渐成熟。
并非只有达尔文观察到了加拉帕戈斯群岛上的物种差异，菲茨罗伊在他的航行日志中写道：“群岛上的小鸟大都是短喙，根部很粗，恰似红腹灰雀的喙，可见万能的造物主为每一块土地都创造出了适合它们的生物。”

1835年10月20日晚上，一股强劲的东风吹过加拉帕戈斯群岛，贝格尔号张开满帆驶向大洋洲。达尔文从群岛收集了大量的动植物标本，还有两只幼小的象龟，在横渡太平洋的这段日子里，这两只小象龟成了他排遣寂寞的宠物。望着夜色中渐渐远去的群岛，达尔文感觉加拉帕戈斯好似他的伊甸园，而贝格尔号正是诺亚方舟。
1835年底，贝格尔号到达新西兰；1836年初，贝格尔号到达澳大利亚的悉尼港，并对这块大陆的东南海岸进行了测绘，达尔文则利用这个机会深入新南威尔士州进行了考察，在这里，他看到了鸭嘴兽。在日记中，达尔文这样写道：“这片大陆上为什么有这么多独特的动物？如果无神论者看到鸭嘴兽，他大概会说：世界原本是由两个造物主创造的。”

接下来，贝格尔号继续西行，于1836年5月31日到达非洲南端的好望角。在这里，菲茨罗伊和达尔文拜访了英国科学家约翰•赫歇尔，他和父亲威廉•赫歇尔都是历史上著名的天文学家。小赫歇尔带着父亲用过的天文望远镜远离了繁华的不列颠，与夫人在近乎荒芜的好望角上住了下来，他已经在这里迎接了哈雷彗星76年一次的造访，之后的几年，他一直在好望角上观测星体，因为有些星体在南半球才能看得到或是看得更清晰。达尔文在剑桥学习时便拜读过赫歇尔的科学著作，因此他与赫歇尔一见如故，达尔文后来写道：“我对赫歇尔爵士非常钦佩，他话不多，但他说的每一个字都值得认真聆听。”赫歇尔断言：世界是由自然规律所左右的，自然科学的最高目标就是发现这些规律。这个唯物主义的论断给达尔文留下了深刻的记忆，他后来在自传中说：“赫歇尔爵士对自然科学的阐述燃起了我内心的渴望，我渴望今生能为构建自然科学的大厦哪怕做出最微不足道的贡献！”
半个多月后，贝格尔号离开好望角向北大西洋进发，达尔文开始整理他环球考察的笔记，也许是与赫歇尔的谈话给了他更多灵感，他在日记中写道：“如果加拉帕戈斯群岛上的象龟和鸟类的形态差异源于自然演化，那么，我们的世界观将被彻底颠覆。”

长时间的海上旅行和艰苦的陆上考察渐渐使达尔文自身发生了许多变化，他已经从一个青春飞扬的剑桥毕业生成为了一个对人类社会和大自然颇为了解的资深海员。在登上贝格尔号之前，他酷爱打猎，有一手让人羡慕的好枪法，但旅行即将结束时，他已经放弃了这个嗜好，因为他觉得打猎是野蛮人的行径；贝格尔号刚刚起航时，他往往不自觉地以一个神职人员自居，当听到水手们谈吐粗野、冒犯上帝时，他会一本正经地手持圣经上前劝戒，经历了五年的海上生活，再听到这样的言辞，他往往抱以会心的一笑。
贝格尔舰的环球航行彻底改变了达尔文的生命轨迹，如果没有这次航行，他将成为家乡的一名专职牧师；当贝格尔号凯旋在即，他清醒地意识到，虽然自己在内心中还没有抛弃基督教，但作上帝的忠实仆人想法已经无疾而终；每当到达一个港口，达尔文仍然和水手们去教堂做礼拜，但手捧圣经时他常常会想：这上面的一切有证据吗？达尔文在给姐妹的一封信中试探着说：“假使我回家后仍然去作一个教士，放弃五年环球旅行换来的考察成果，那将是多么可惜呀！”
实际上，达尔文的姐妹和他的父亲都已经意识到，达尔文将走上科学之路。在贝格尔号抵达英国前，达尔文的恩师亨斯洛教授已将达尔文的考察笔记印成小册子在科学界散发，引起了极大关注，剑桥地质学教授塞奇威克特意拜访了达尔文的父亲，并对他说：“您的儿子将位居历史上最卓越科学家的行列。”

贝格尔号离英国越近，达尔文和水手们对亲人的思念便愈加强烈，达尔文形容说，贝格尔号带回了满船思乡的英雄。也许达尔文最显著的变化在于他的体形，由于长期超负荷工作、晕船和营养不良，身高1米82的达尔文此时的体重只有60几公斤，他不禁担心家人们会为他的消瘦而难过。
1836年10月2日晚上9点，在经历了四年九个月零五天的环球航行后，贝格尔号抵达英国法尔茅斯港，恰似当年离去的那一天，英吉利海峡正笼罩在风雨之中。根据后来的统计，在贝格尔号环球航行的近五年间，达尔文只有18个月随船航行，其他的三年多时间他都行进和生活在陆地和岛屿上，最长的一次考察，他离开贝格尔号47天，行程近千公里。在与舰长菲茨罗伊和水手们告别后，达尔文上岸钻进驿站马车，一刻不停地赶往家乡什鲁斯伯里。
今天，许多英国历史学家提出，贝格尔号自身的勘测成就不应该被达尔文的光环所掩盖，在近五年的第二次航行期间，贝格尔号精确勘测了南美洲、澳洲、非洲等地的多处海岸线，菲茨罗伊回到英国后，他发现贝格尔号绘制的海图已经开始印发英国海军，而这其中许多海图一直沿用到第二次世界大战结束，贝格尔号从而被公认为历史上最卓越的勘测船之一。由于出色完成了两次艰辛的勘测任务，菲茨罗伊不仅受到了皇家海军高层的青睐，还获得了皇家地理学会的一枚金质奖章，此时菲茨罗伊刚刚31岁，这位皇族后代可谓前程似锦。在我们以后的故事中，菲茨罗伊的身影还将再次出现。

10月5日清晨，风尘仆仆地达尔文冲进了养育他的蒙特宅，正在用早餐的父亲和姐妹们激动得叫了起来，已经颇显老迈的达尔文大夫喊道：“天哪，你的脸形全变了。”接下来的几天是蒙特宅的狂欢节，亲朋好友纷至沓来慰问这位归来的英雄，不少人喝醉了酒。
贝格尔号的环球旅行在潜移默化间改变了达尔文的世界观，正如他自己在《贝格尔舰环球航行记》中写下的那样：“世界地图从此不再是一张白纸，它变成了一张包罗万象、充满生机的图画。”充满艰辛的环球考察只是成就达尔文的第一步，却也是最关键的一步，一旦他完成对大自然和人类社会的重新思考，整个世界将为之而改变。