《猜想祖先》依托建国以来的几项重大考古发现成果，根据考古学家所获得的远古物证和研究成果，充分运用想像力，合理地推测祖先的物质生活和精神领域。节目分四个大的部分：天与地 、人与神、灵与肉、容颜与衣妆（每部分两个单元），分别从体质人类学的角度猜想祖先的面貌；以三星堆祭祀坑的考古发现为出发点，猜想古人与神沟通的精神世界；以盗墓史为线索，通过墓葬制度猜想祖先的社会构成；还通过乐器、礼器、兵器等出土器物，猜想祖先的科学技术状况和相关的审美意识。
　　为了使节目更富于趣味性和普及性，还邀请了曾制作大型电视节目《八千里路云和月》的艺人凌峰，创作了多部大型历史影视剧（如电影《荆轲刺秦王》、《兰陵王》，电视连续剧《东周列国志》、《海瑞罢官》）的剧作家王培公作为特邀谈话嘉宾。